Шпаргалка по дисциплине"Микробиология"

-Амилаза, продуцируемая Bacillus subtilis, Aspergillus и другими грибами, используется для приготовления сиропа из глюкозы, удаления аппретирующего крахмала.

-Гексоизомераза, катализирующая изомеризацию  фруктозы, используется для получения  фруктозы из глюкозы, которую  в последствии используют для  получения искусственного меда и сиропов. Выделяют этот фермент микроорганизмы родов Streptomyces и Lactobacillus brevis.

 

60. Регуляция метаболизма. Уровни регуляции метаболизма. Индукция. Репрессия.

Задача регуляторных механизмов заключается в эффективном регулировании и координировании путей метаболизма с целью поддержания необходимой концентрации клеточных компонентов. Кроме того, клетки должны адекватно реагировать на изменения условий окружающей среды посредством включением новых катаболических путей направленных на использование, имеющихся на данный момент питательных субстратов. Регуляция важна для поддержания баланса между энергетическими и синтетическими реакциями в клетке.

Координация химических превращений, обеспечивающая экономность метаболизма, осуществляется у микроорганизмов тремя основными механизмами:

• регуляцией активности ферментов, в том числе путем ретроингибирования;

• регуляцией объема синтеза ферментов (индукция и репрессия биосинтеза ферментов);

• катаболитной репрессией.

Для существования жизни важны как регуляция активности отдельных путей метаболизма, так и координация деятельности этих путей. 

Ферменты, синтезирующиеся в клетке постоянно и образование которых не зависит от состава питательной среды называют конститутивными, например, ферменты гликолиза. Другие энзимы, адаптивные или индуцибельные, возникают только в ответ на появление в питательной среде индукторов – субстратов или их структурных аналогов.

*В процессе ретроингибирования (ингибирование по принципу обратной связи) активность фермента (аллостерического белка), стоящего в начале многоступенчатого превращения субстрата, тормозится конечным метаболитом.

Низкомолекулярные метаболиты передают информацию об уровне своей концентрации и состоянии обмена веществ ключевым ферментам метаболизма. Ключевые ферменты – это регуляторы периодичности  образования продукта. С помощью описанного механизма конечные продукты саморегулируют свой биосинтез. Ретроингибирование – способ точного и быстрого регулирования образования продукта. На обмен веществ, анало-гичный конечным метаболитам, оказывают эффект их аналоги.

*Регуляция объема биосинтеза  ферментов (индукция и репрессия) осуществляется на оперонном уровне (Ф.Жакоб и Ж.Моно, 1961) путем изменения количества иРНК, образующихся в процессе транскрипции.

Бактериальная клетка имеет множество генов, каждый из которых несет информацию и контролирует синтез одного белка или соответствующего соединения. Гены подразделяются на структурные гены, гены-регуляторы и гены-операторы. В структурных генах закодирована информация о первичном строении контролируемого ими белка, т.е. о последовательности расположения аминокислот, входящих в состав белка. Гены-регуляторы контролируют синтез белков-репрессоров, подавляющих функцию структурных генов, а гены-операторы выполняют роль посредников между генами регуляторами и структурными генами.

Оперон – упорядоченная совокупность структурных генов (со знаками начала и конца) и регуляторных участков. В состав регуляторной зоны оперона входят ген-регулятор, промотор, усилители транскрипции (энхансеры), ослабители транскрипции (сайлансеры) и другие компоненты. Экспрессия      регуляторного гена приводит к синтезу        белка-репрессора, который в свою очередь способен оккупировать зону первоначального связывания РНК-полимеразы (оператор) тем самым, препятствуя связыванию последней с промоторным участком и началу синтеза иРНК.  Конечные продукты метаболических путей могут не  только   ингибировать активность ферментов первых стадий процесса, но и тормозить биосинтез ферментов последних его этапов, активируя белок репрессор.

Обнаруженный феномен назван репрессией, а ферменты, биосинтез которых стопорится под влиянием низкомолекулярных метаболитов, переводящих репрессорный белок в активную форму, называются репрессибельными. К их числу относятся глутаминсинтетаза, триптофансинтетаза, орнитин-карбамилтрансфераза, уреаза и др. Если концентрация конечного продукта уменьшается до определенного очень низкого уровня, то происходит дерепрес-сия фермента, т. е. скорость их биосинтеза возрастает до необходимых величин.

В процессе индукции низкомолекулярный метаболит-индуктор (например, лактоза), соединяясь с репрессорным белком (продукт гена-регулятора), инактивирует его и тем самым препятствует взаимодействию белка-репрессора с зоной оператора, что обеспечивает возможность присоединения к промотору РНК-полимеразы и начало синтеза иРНК. Бактериальные клетки продуцируют множество низкомолекулярных эффекторов в ответ на изменение окружающей среды (стресс, голодание, действие фагов и пр.). Каждый из эффекторов, взаимодействуя по аллостерическому механизму с определенными регуляторными белками, моделирует промоторную специфичность РНК-полимеразы, запуская тем самым экспрессию определенного набора генов.

*Катаболитная репрессия: подавление биосинтеза ферментов, обеспечивающих метаболизм одного источника углерода другим источником углерода. Ранее считали, что причина такой репрессии состоит в подавлении биосинтеза ферментов обмена одного источника углерода, продуктами катаболизма другого.

Если в питательной среде присутствуют несколько различных источников углерода, клетка микроорганизма вырабатывает ферменты для усвоения лишь одного, наиболее предпочтительного субстрата. Так, например, когда клетки выращивают на смеси глюкозы и лактозы, то в первую очередь утилизируется глюкоза. После полного использования глюкозы происходит экспрессия ферментов метаболизма лактозы (экспрессия структурных генов лактозного оперона).

*Ауксотрофные мутанты – мутантные  штаммы микроорганизмов, не способные  к синтезу определенных ферментов, т.е. мутанты с ограниченной способностью к образованию конечных продуктов. Такие объекты биотехнологического процесса нечувствительны к концентрации конечного продукта за счет обхода механизма ретроингибирования.

Выключение механизма ретроингибирования возможно, если мутации у микроорганизмов вызывают разрыв в последовательности биохимических реакций образования конечного продукта. Из-за отсутствия фермента, катализирующего промежуточную стадию процесса, в среде накапливается не конечный продукт, а промежуточный целевой метаболит.

Благодаря отсутствию ингибитора (конечного продукта) использование субстрата и рост микроорганизма продолжаются, но лишь при условии добавления в среду в лимитирующих количествах вещества – продукта блокированной реакции.

Для отбора мутантов с дефектами экспрессии генов и регуляции обмена веществ использую методы селекции. Один из них состоит в получении мутантов, устойчивых к структурным аналогам целевого продукта. Отбор продуцентов проводят на селективной среде, содержащей подходящий аналог  целевого продукта, которые не включаются в обмен веществ (в частности, аналоги аминокислот не включаются в состав белков), что ведет к подавлению роста организма. Выжившие мутанты обладают дефектами в механизме регуляции активности фермента по принципу обратной связи.

*Рекомбинантные мутанты. Принципиально  другая группа мутантных продуцентов  может быть получена благодаря  достижениям в области молекулярной  биологии и молекулярной генетики, позволяющие перейти от слепого  отбора штаммов мутантов к сознательному конструированию геномов, используя для этой цели технологию рекомбинантной ДНК.

Уровень экспрессии структурных генов в той или иной степени может быть изменен в результате мутаций, осуществляемых по различным участкам оперона. 

Мутации в гене-регуляторе проводят таким образом, чтобы его продукт – белок-репрессор – утрачивал способность связываться с оператором. В результате мутаций исчезает эффект катаболитной экспрессии, а индуцибельные ферменты становятся конститутивными, т. е. их экспрессия не зависит от присутствия в среде субстрата. Мутанты с дефектами регуляторной области оперона называются регуляторными, их функция – биосинтез конститутивных ферментов.

Мутации в нуклеотидных последовательностях зоны гена-оператора приводят к тому, что такие операторы не могут связывать нормальный репрессор и также приобретают способность к конститутивной экспрессии структурных генов.

Мутации по участкам гена, влияющим на структуру аллостерическо-го центра фермента, могут привести к изменениям в конформации белка, которые делают молекулу энзима нечувствительной к концентрации конечного продукта. Это обеспечивает возможность образования в клетке избыточного количества целевого продукта.

 

61. Роль микроорганизмов в эволюционном  процессе планеты.

 

62. Основы экологии микроорганизмов. Экология микробных сообществ.

Микроорганизмы – существенная часть любой экосистемы,  выполняющая  функции синтеза нового органического вещества в процессе первичной продукции и деструкции органических веществ.

Функции микроорганизмов в природных сообществах:

*Минерализация – полное разрушение  органических веществ до самых  простых неорганических веществ  – СО2, Н2О, Н2S, CH4, NH4 и др.

*Питание для других организмов  сообщества – «мортмасса».

*Пища для крупных микроорганизмов, простейших. Роль жертвы.

*Модификация сложных соединений   или газообразную форму.

*Подавление/стимулирование активности  или ограничение роста и жизнедеятельности  других организмов сообщества.

В природных сообществах:

*Микроорганизмы  никогда не  находятся в оптимальных условиях.

*Пищевые ресурсы в систему  поступают медленно.

*Бактерии используют 1 % от своих  возможностей жизнедеятельности.

Между собой микроорганизмы строят различные взаимоотношения:

1. Конкуренция. Микроорганизмы вырабатывают  антибиотики и другие агрессивные вещества, подавляя жизнедеятельность конкурирующей биоты.

2. Кооперация. Кооперативные взаимоотношения  возникают при накоплении субстрата. Для анаэробов кооперативные  взаимоотношения более обязательны, чем для аэробов, поскольку анаэробные бактерии часто испытывают  энергетические барьеры при потреблении питательных субстратов.

3. Симбиозы. Обусловлены не только  пищевой зависимостью, но и изменениями  условий внешней среды (микориза, ризосфера, эндо- и экзосимбиозы  с простейшими и пр.)

4. Паразитизм. Возбудители инфекционных  болезней  человека и животных, риккетсии и хламидии (облигатные  паразиты); фитопатогенные бактерии Agrobacterium; хищники грамотрицательных  бактерий Bdellovibrio и зеленых водорослей Campylobacter.

Физиологический статус микробов  (по Виноградскому С.Н.)

*Автохтонные микроорганизмы –  постоянно присутствуют в сообществе  независимо от количества питательных  веществ в среде. К-стратеги –  микроорганизмы, растущие с постоянной  невысокой скоростью, не зависимой  от концентрации питательных веществ.

*Аллохтонные (зимогенные) бактерии – не всегда присутствуют в природной среде, активно размножаются вследствие сброса определенного количества питательных веществ. R-стратеги, выбирают для жизнедеятельности высокую скорость роста. Такие организмы неэффективно используют питательные вещества. Быстрое стремительное  размножение сменяется столь же быстрыми темпами отмирания.

Существуют такие экониши, в которых специализированный микроорганизм практически не испытывает конкуренции или антагонизма со стороны других видов. Например, желудок человека и животных, где обитает Helicobacter pilori.

В сообществе обязательны:

* Микроорганизмы-гидролитики, обладающие  набором ферментов-гидролаз, способные  использовать полимерные соединения, обеспечивающие субстратом себя и «микрофлору рассеяния»

*Диссипотрофные микроорганизмы. Эти  организмы заканчивают разрушение  веществ, которые не смогли расщепить  гидролитики.

Стабильное природное сообщество характеризуется наличием функциональных дублеров. При таких условиях даже серьезное изменение внешней среды не влияет на стабильность сообщества.

63. Основы экологии микроорганизмов. Микроорганизмы воздуха.

Микроорганизмы – существенная часть любой экосистемы,  выполняющая  функции синтеза нового органического вещества в процессе первичной продукции и деструкции органических веществ.

Воздух как среда обитания неблагоприятен для развития микробов вследствие действия таких факторов среды как:

*отсутствие питательных веществ

*отсутствие достаточной влаги

*отсутствие оптимальной температуры

*губительное действие солнечных  лучей 

*губительное действие высушивания

Состав микробиоты воздуха зависит от: степени загрязнения воздуха минеральными и органическими взвесями; температуры; осадков; характера местности; влажности и др.

Микрофлора воздуха зависит от микрофлоры почвы или воды.

В воздухе бактерии не размножаются, однако некоторое время микробы могут сохраняться.

Микробы попадают в воздух с пылью, уносимой с поверхности земли ветром. Попав в воздух, они быстро отмирают или вновь оседают на поверхности земли и различных предметов.