Генетическое картирование

План:

 

 

 

1.Введение.

2. Генетическое картирование микроорганизмов.

3.Внехромосомные факторы наследственности:

• Плазмиды
• Плазмиды патогенности
• Плазмиды биодеградации
• Транспозоны
• IS-последовательности
• Умеренные и дефектные фаги

4.Заключение.

5.Список использованной литературы.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

                                                       Введение.

 

Актиномицеты  — это группа микроорганизмов, соединяющая  в себе черты бактерий и грибов. Широко распространены в почвах, в  иле водоёмов, в воздухе и на растительных остатках.

 

Морфологические признаки актиномицет имеют аналогию со строением несовершенных грибов. Для них характерно нитевидное или  палочковидное и кокковидное  строение и наличие боковых выростов; способны к формированию ветвящегося мицелия на некоторых стадиях развития диаметром 0,4—1,5 мкм, которая проявляется у них в оптимальных для существования условиях. Подчеркивая бактериальное происхождение актиномицетов, ученые называют их аналог грибного мицелия тонкими нитями. Актиномицеты включают в себя организмы с наиболее характерными среди всех бактерий нитчатым строением.

 

Наиболее важными вопросами, касающиеся изучения актиномицет, являются исследование механизмов передачи генетического  материала и создание новых способов генетического картирования. На настоящий момент достаточно подробно изучены способы передачи генетического материала плазмидами, с помощью рекомбинации, трансдукции, конъюгации гамет, а также эффективные методы составления генетических карт.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 Генетическое картирование микроорганизмов.

 

Генетика актиномицетов  исследована достаточно хорошо. Для  наиболее изученных видов еще  с конца 50-х гг. составлялись на основании  конъюгационных скрещиваний подробные  генетические карты с множеством нанесенных на них маркеров. Эти карты были кольцевыми.

 

Генетическое  картирование проводится с помощью  Днк – гибридизации. Данный метод  основан на способности ДНК и  РНК специфически соединяться (гибридизироваться) с комплементарными олигонуклеотидными фрагментами, искусственно синтезированными и меченными ферментом, флюорохромом или изотопом. Эти фрагменты называются зондами. Для проведения молекулярной гибридизации молекулу исследуемой ДНК расплетают, одну нить закрепляют на специальном фильтре, который помещают в раствор, содержащий меченый зонд. Создаются условия, благоприятные образованию двойных спиралей. При наличии комплементарности между зондом и исследуемой ДНК они образуют между собой двойную спираль. После окончания гибридизации и отмывания несвязавшихся продуктов проводится детекция образовавшегося комплекса при помощи соответствующей метки.

 

Данные о  наличии перестроек генома ряда мутантов актиномицетов получены в экспериментах  по ДНК - гибридизации, в которых  в качестве зонда использовали 0,85 т.п.н. фрагмент плазмиды pUS8, несущий ген kmr.

 

Поскольку ДНК  актиномицетов имеет высокий  ГЦ-состав (70-74%) , для получения макрофрагментов  хромосомной ДНК используются эндонуклеазы рестрикции, сайты узнавания которых  содержат лишь АТ-пары. А в результате картирования актиномицетов определяют размеры хромосомной ДНК исследуемых штаммов как сумму размеров обнаруженных макрофрагментов ДНК, а также определяют длину молекулы ДНК. Дальнейшие исследования в этой области позволят сделать новые открытия в этой области.

 

Внехромосомные факторы наследственности .

 

Внехромосомные  факторы наследственности входят в  состав многих микроорганизмов, особенно бактерий. Они представлены плаз-мидами, транспозонами и Is-последовательностями (англ. insertion - вставка, sequence - последовательность), которые являются молекулами ДНК, отличающимися друг от друга молекулярной массой, объемом закодированной в них информации, способностью к автономной репликации и другими признаками.

 

Плазмиды, транспозоны  и Is-последовательности не являются генетическими элементами, жизненно необходимыми для бактериальновой клетки, поскольку они не несут информации о синтезе фермен-в«. участвующих в пластическом или энергетическом метаболизме. Вместе с тем они могут придавать бактериям определенные селективные преимущества, например резистентность к антибиотикам.

 

Плазмиды физически  либо не связаны с хромосомой (автономное состояние), либо встроены в ее состав (интегрированное состояние). В автономном состоянии они самостоятельно реплицируются. Транспозоны и Is-последовательности во всех случаях связаны с хромосомой и не способны к самостоятельной репликации.

 

Плазмиды .

 

Плазмиды несут  две функции - регуляторную и кодирующую. Первая состоит в компенсации  нарушений метаболизма ДНК клетки хозяина. Например, при интегрировании плаз-виды в состав поврежденного бактериального генома, не способного к репликации его функция восстанавливается за счет плазмидного репликона.

 

Кодирующая  функция плазмид состоит во внесении в бактериальную клетку новой  информации, о которой судят по приобретенному признаку, например образованию пилей (F-плазмида), резистентности к антибиотикам (R-плазмида), выделению бактериоцинов (Col-плазмида) и т.д.

 

Переход плазмиды в автономное состояние и реализация записанной в ней информации часто связаны с индуцирующими воздействиями внешней среды. В некоторых случаях продукты плазмидных генов могут способствовать выживанию несущих их бактерий. Самостоятельная репликация плазмидной ДНК способствует ее сохранению и распространению в потомстве. Встраивание плазмид, так же как и профагов, происходит только в гомологичные участки бактериальной хромосомы, в то время как Is-последовательностей и транс-позонов - в любой ее участок.

 

В настоящее  время описано свыше двух десятков плазмид, из которых будут рассмотрены следующие. F-плазмида, или половой фактор, представляет собой циркуляр-но замкнутую нить ДНК с молекулярной массой 60 • 106. Она контролирует синтез половых ворсинок (sex или F-pili), которые способствуют эффективному спариванию бактерий-доноров с реципиентными клетками при конъюгации. Данная плазмида реплицируется в независимом от хромосомы состоянии и передается при конъюгации в клетки бактерий-реципиентов.

 

Перенос генетического  материала (ДНК) детерминируется tra-опероном F-плазмиды (от англ. transfer - перенос), обеспечивающим ее конъюгативность. F-плазмиду можно удалить (элиминировать) из клетки, обработав последнюю некоторыми веществами, например акридиновым оранжевым, в результате чего клетки теряют свойства донора. Сравнительно легкая элиминация и очень быстрая и эффективная передача F-плазмиды реципиентным клеткам дали основание считать, что она располагается в цитоплазме бактерий вне хромосомы.

 

Однако F-плазмида может встраиваться в бактериальную  хромосому и находиться с ней  в интегрированном состоянии. R-плазмиды. Известно большое количество R-плазмид, определяющих устойчивость бактерий-хозяев к разнообразным лекарственным препаратам. Передача R-плазмид от одних бактерий к другим привела к их широкому распространению среди патогенных и условно-патогенных бактерий, что чрезвычайно осложнило химиотерапию вызываемых ими заболеваний.

 

R-плазмиды имеют сложное  молекулярное строение. В их состав  входят: r-ген, который может содержать  более мелкие мигрирующие элементы - Is-последовательности, транспозоны и tra-опероны. r-ген, ответственный за устойчивость бактерий к какому-либо антибиотику, контролирует синтез фермента, вызывающего его инактивацию или модификацию. Значительное число r-генов является транспозонами, которые могут перемещаться от плазмиды-носителя в другие репликоны. В одном r-гене может содержаться несколько транспозонов, контролирующих устойчивость к разным антибиотикам. Этим объясняется множественная лекарственная резистентность бактерий.

 

Tra-оперон, обеспечивающий  конъюгативность плазмиды, входит в состав R-плазмид грамотрицательных бактерий. Грамположитель-ные бактерии содержат в основном неконъюгативные плазмиды, которые могут передаваться от одной бактерии к другой путем трансакции.

 

Плазмиды патогенности.

 

Данные плазмиды контролируют вирулентные свойства бактерий и токсинообразование.

 

Бактериоциногенные плазмиды контролируют синтез особого рода антибактериальных  веществ - бактериоцинов, способных  вызывать гибель бактерий того же вида или близких видов. Бактериоцины обнаружены у кишечных бактерий (колицины), бактерий чумы (пестицины), холерных вибрионов (вибриоцины), стафилококков (стафилоцины) и др. Наиболее изучены колицины, продуцируемые кишечными палочками, шигеллами и некоторыми другими энте-робактериями.

 

Колицины энтеробактерий (продуцируемые под контролем  колици-ногенных плазмид) представляют собой вещества белковой природы. Известно более 25 типов колицинов, различающихся  по своим физико-химическим и антигенным свойствам и по способности адсорбироваться на определенных участках поверхности бактериальных клеток. Сии обозначаются латинскими буквами А, В, С, D, El, Е2, К и т.д.

 

При обычных  условиях культивирования и большинстве  клеток бактериальной популяции, содержащей колициногенные особи, синтеза тлицина не происходит. Примерно в одной из 1000 клеток отмечаетcа так называемая спонтанная продукция колицина. Однако количество шлицинпродуцирующих клеток может быть резко увеличено при обработке бактерий УФ-лучами и некоторыми другими агентами. При этом погибают только сами клетки, продуцирующие колицины. В то же время бактериальные клетки, несущие Col-плазмиды, резистентны к жйствию гомологического колицина так же, как и лизогенные бактерии к действию гомологического фага. Таким образом, характерной чертой Col-плазмид является потенциальная летальность для клеток-продуцентов, которая сближает их с профагами.

 

Механизм бактерицидного действия колицинов неодинаков. Показано, что после адсорбции на рецепторах наружной мембраны бактерий один из колицинов (ЕЗ) нарушает функцию рибосом, другой (Е2) является ферментом - эндодезоксирибонуклеазой. Имеются колицины, действующие на цитоплазматическую мембрану бактерий. Колициногенные (Col) плазмиды находятся в клетках энтеробактерий в автономном состоянии и передаются при конъюгации без сцепления с хромосомой. Однако некоторые из них (ColV, ColB) могут встраиваться в бактериальную хромосому и находиться в ней в интегрированном состоянии. Они, так же как и F-плазмиды, передаются путем конъюгации в реципиентные клетки, благодаря имеющемуся у них tra-оперону.

 

Широкое распространение  бактериоциногении среди микрофлоры организма человека имеет экологическое  значение как один из факторов, влияющих на формирование микробных биоценозов. Вместе с тем колицины, продуцируемые  кишечной палочкой - нормальным обитателем кишечника, могут губительно действовать на патогенные энтеробактерий, попавшие в кишечник, способствуя тем самым нормализации его естественного микробиоценоза.

 

Способность продуцировать различные типы колицинов  используется для типирования бактерий с целью эпидемиологического анализа вызываемых ими заболеваний. Такое типирование осуществляется путем определения типа Col-плазмиды (колициногено-типирование) или типа колицина, образуемого патогенными бактериями (колицинотипирование), выделенными от больных, контактирующих с ними лиц, а также из окружающей среды.

 

Плазмиды  биодеградации .

 

Данные плазмиды несут информацию об утилизации некоторых  органических соединений, которые бактерии используют в качестве источников углевода и энергии. Они могут играть важную роль в экологии патогенных бактерий, обеспечивая им селективные преимущества во время пребывания в объектах окружающей среды и в организме человека. Например, урологические штаммы кишечных палочек содержат плазмиду гидролизации мочевины.

 

Плазмиды биодеградации  несут информацию об утилизации ряда Сахаров (лактоза, сахароза, рафиноза и  др.) и образовании протеоли-тических ферментов.

 

Транспозоны .

 

Транспозоны представляют собой нуклеотидные последовательности, включающие от 2000 до 20 500 пар нуклеотидов, которые несут генетическую информацию, необходимую для транспозиции. При включении в бактериальную ДНК они вызывают в ней дупликации, а при перемещении - делеции и инверсии. Транспозоны могут находиться в свободном состоянии в виде кольцевой молекулы, неспособной к репликации. Она реплицируется только в составе бактериальной хромосомы. При этом новые копии транспозонов могут мигрировать в некоторые плазмиды и ДНК фагов, которые, проникая в бактериальные клетки, способствуют их распространению в популяции. Таким образом, важнейшим свойством транспозонов является их способность к перемещению с одного репликона (хромосомная ДНК) на другой (плазмида) и наоборот. Кроме того, некоторые транспозоны, так же как и плазмиды, выполняют регуляторную и кодирующую функции. В частности, они могут нести информацию для синтеза бактериальных токсинов, а также ферментов разрушающих или модифицирующих антибиотики.

 

Транспозоны имеют особые концевые структуры  нескольких типов, которые являются маркерами, позволяющими отличать их от других фрагментов ДНК. Это позволило обнаружить их не только у бактерий и дрожжей, но и в клетках растений, насекомых, позвоночных животных и человека. При интеграции транспозонов в хромосому клеток животных или человека они приобретают удивительное сходство с про-вирусами, находящимися в составе их хромосом.

 

Is-последовательности .

 

Is-последовательности (англ. insertion - вставка, sequence - последовательность) представляют собой транспозируемые  элементы, которые также называются «вставки последовательностей оснований». Это фрагменты ДНК длиной 1000 пар нуклеотидов и более. В Is-последовательностях содержится информация, необходимая только для их транспозиции, т.е. перемещения в различные участки ДНК.

 

Вследствие такого рода перемещений Is-последовательности могут выполнять ряд функций.