Автор работы: Пользователь скрыл имя, 27 Июня 2012 в 14:02, дипломная работа
Работа посвящена вопросу о флуоресцентных белках и генной инженерии.В работе кратко изложена история открытия белков их биологическое и генетическое значение в современном мире. Так же рассказывается о работе по молекулярной биологии с использованием флуоресцентных белков. Работа защищена на отлично.
ВВЕДЕНИЕ 4-7
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 8-51
1. Стволовые клетки 8-36
1.1. Понятие о стволовых клетках 8-10
1.2. Классификация стволовых клеток 10-13
1.3. Свойства стволовых клеток 13-17
1.4. Особенности региональных нейральных стволовых клеток 17-20
1.5. Стволовые клетки, как удобная модель для анализа роли генов в процессе дифференцировки 20-21
1.6. Стволовые клетки перспективы использования в медицине 22-25
1.7.Генная терапия 26-36
1.7.1. Понятие о генной терапии 26-27
1.7.2. Условия проведения генной терапии 27-30
1.7.3.Проблема генной и клеточной терапии 31-33
1.7.4. Лечение заболеваний с помощью генной терапии 33-36
2.Флуоресцентные белки 36-47
2.1. Открытие зеленого флуоресцентного белка 36
2.2. Биохимические, спектральные и физические свойства GFP 36-37
2.3. Трехмерная структура GFP 37-41
2.4. Трехмерная структура DsRed 41-44
2.5. Использование GFP-подобных белков для изучения подвижности клеток, клеточных белков и органелл 44-47
3.Векторы 47-48
3.1. Вектор pcDNA 3.1+ 48-49
3.2. CMV – промотор 49-50
4. Заключение 51
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 52-55
Ферменты и реактивы 52
Приготовление компетентных клеток 52
Трансформация бактерий E.coli XL I-Blue плазмидами 52-53
Выделение плазмидной ДНК из E.coli 53
Электрофорез в агарозном геле 53
Рестрикция 53
Контроль наличия вставки (блот-гибридизация по Саузерну). 54-55
Достраивание липких концов ДНК до тупых 55
Лигирование 55
Конструкции 55
РЕЗУЛЬТАТЫ 56-66
Обсуждение результатов 67-68
Выводы 69
Список сокращений
Список литературы 70-79
Следовательно, в стволовых клетках проявляется общий принцип онтогенеза - функция генов с "опережением", т.е. синтез тех матричных РНК, которые будут "нужны" (будут "работать") на стадиях развития, порою значительно более поздних. Анализ поведения стволовых клеток в культуре тканей позволил выявить ключевые гены генные сети, участвующие в спецификации этих клеток, в их развитии в том или ином направлении.
1.6. Стволовые клетки, перспектива использования в медицине
По мере углубления наших знаний об СК открываются новые перспективы для фундаментальных и клинических исследований. Различные типы СК уже находят свое применение в работах по генетике, эмбриологии, в изучении роли факторов роста и цитокинов, фармакологии, токсикологии, трансплантологии. Плюрипотентность СК, их способность к самоподдержанию и миграции, а также к смене программ развития и к контекст-зависимой дифференцировке (независимо от механизмов последних) дает им решающие преимущества по сравнению с дифференцированными клетками для применения в регенеративной медицине. Детальное понимание биологии СК важно при их использовании в регенеративной медицине для восстановления поврежденных тканей путем трансплантации клеток или создания биоискусственных тканей. Кроме того, изучение СК также необходимо для еще одного направления регенеративной медицины - стимуляции регенерации in vivo с использованием естественного потенциала локализованных в тканях СК.
Существующие данные позволяют предполагать, что многие, если не все, типы СК могут применяться в регенеративной медицине. Важно определить приоритетные направления использования разных типов СК в терапии тех или иных заболеваний. По-видимому, ЭСК человека, вследствие их тотипотентности и возможности размножения в культуре, могли бы представлять собой наиболее перспективный инструмент для регенеративной медицины. К сегодняшнему дню накоплен достаточный опыт применения ЭСК на моделях животных для лечения заболеваний, связанных с разрушением или дисфункцией специфических типов клеток. К числу этих заболеваний, в частности, принадлежат сахарный диабет типа I, при котором нарушается нормальная работа островковых клеток поджелудочной железы, и болезнь Паркинсона, при которой разрушаются дофаминэргические нейроны в определенной зоне головного мозга. Исследования, проведенные на животных, показали, что трансплантация ЭСК эффективна в случае различных хронических заболеваний: травматических повреждений спинного мозга, дегенерации клеток Пуркинье, повреждений клеток печени, мышечной дистрофии Дюшенна, нарушений остеогенеза. Следует, однако, сказать, что для успешного применения ЭСК необходимо решить проблему гистосовместимости трансплантата и реципиента. Предполагаемое радикальное решение этой проблемы, а именно, так называемое терапевтическое клонирование, связано с трансплантацией клеточного ядра реципиента в яйцеклетку. Это делает всю процедуру чрезвычайно сложной и дорогостоящей, хотя и позволяет получить ЭСК, генетически практически идентичные клеткам реципиента. Следует, кроме того, подчеркнуть, что ЭСК, введенные в организм, способны к образованию тератом. Таким образом, для применения в клеточной терапии необходимо проводить дифференцировку и удалять некоммитированные ЭСК, что еще более усложняет процедуру. Нельзя также игнорировать этические осложнения, связанные с необходимостью разрушения бластоцисты для получения линии ЭСК. Наконец, озабоченность по поводу возможных негативных последствий вызывают сообщения о различных патологиях у животных, полученных с помощью ядерной трансплантации.
Клиническое применение стволовых клеток крови (СКК) связано, прежде всего, с заболеваниями крови. Общеизвестно применение трансплантации костного мозга для лечения лейкозов и лимфом. В последнее время с этой же целью успешно применяют пуповинную кровь, а также периферическую кровь после так называемой мобилизации СКК из костного мозга с помощью, например, введения гранулоцитарного колониестимулирующего фактора. СКК также могут применяться для лечения ишемической болезни сердца и инфаркта миокарда.
Значительный интерес для регенеративной медицины представляют мезенхимные стволовые клетки (МСК) костного мозга.
Убедительно показанный на животных значительный дифференцировочный и пролиферативный потенциал МСК дает право признать за ними очень большие возможности для научного и практического применения и, вероятно, позволит этим клеткам конкурировать с ЭСК в решении многих медицинских проблем. Применение ауто-трансплантации МСК кажется наиболее перспективным на данном этапе развития клинической науки, так как оно позволяет избежать этических и иммунных проблем, связанных с трансплантацией от донора к реципиенту. К настоящему времени уже накоплен значительный опыт трансплантации костного мозга. Одна из наиболее важных областей применения МСК - репарация костных тканей, особенно с учетом того, что собственные репаративные процессы в этих тканях заторможены из-за малого количества в них сосудов (Ballas C.B., et al., 2002). Как правило, для лечения дефектов костей применяются различные биоинженерные тканевые конструкции на основе органического поддерживающего матрикса, в который внедряются МСК (Awad H.A., et al., 2000). Потенциал МСК позволяет использовать их в лечении генетически обусловленных дегенеративных заболеваний скелета. В частности, применение МСК апробировано в клинике для лечения нарушения остеогенеза у детей, вызванного мутацией гена, кодирующего коллаген типа I.
Способность МСК дифференцироваться в эндотелиальные клетки сосудов, мышечные клетки и кардиомиоциты определила возможность использования их в терапии ишемической болезни. Ишемическая болезнь сердца и, как ее следствие, инфаркт миокарда - наиболее распространенные заболевания в развитых странах. Ишемия конечностей только в США вызывает необходимость ампутации у 150000 человек ежегодно. Ишемия головного мозга и острое нарушение мозгового кровообращения чаще всего приводят к частичной или полной потере трудоспособности. В основе всех этих недугов лежит полная или частичная непроходимость сосудов вследствие различных заболеваний, в основном атеросклероза, что приводит к недостаточному кровоснабжению и к повреждению тканей. Одним из путей лечения может быть стимуляция образования новых сосудов (коллатералей) в обход поврежденных. Клетки костного мозга и культивированные МСК, как показано во множестве работ на животных, представляют на сегодня наиболее эффективный материал для трансплантации с целью терапии ишемической болезни сердца, инфаркта миокарда, а также ишемии конечностей и головного мозга. В последнее время появились первые сообщения об успешных преклинических испытаниях аутологичной моноядерной фракции клеток костного мозга для лечения инфаркта миокарда и ишемии конечностей. Следует, однако, отметить низкий процент приживаемости МСК при трансплантации, особенно после культивирования, что заставляет искать более эффективные пути внедрения МСК в поврежденные ткани.
Применение СК рассматривается сегодня в качестве наиболее перспективной стратегии клеточной терапии. Весьма интересной представляется возможность использования этих клеток в качестве первичных реципиентов рекомбинант-ной ДНК ex. vivo при генотерапии наследственных и приобретенных заболеваний. Такой путь может во многом уменьшить риск прямого введения ДНК в организм человека. Есть серьезные основания предполагать, что комбинированная геноклеточная терапия не только безопаснее, но и эффективнее раздельного применения данных подходов к терапии различных наследственных и дегенеративных заболеваний.
СК только начинают применяться в клинической медицине. Очевидно, что для их использования требуется решение многих этических и научных проблем.
Несмотря на обширность нерешенных проблем, общее мнение исследователей и врачей состоит в том, что изучение биологии СК необходимо для глубокого понимания механизмов регенерации и поддержания гомеостаза организма, а применение СК имеет блестящие перспективы, и несомненно окажет самое серьезное воздействие на облик медицины будущего.
1.7. Генная терапия
1.7.1. Понятие о генной терапии
Под генной терапией подразумевают медицинский подход, основанный на введении в клетки и организм генных конструкций с лечебной целью (Culver K.W., Gene Therapy 1996, А.В. Зеленин, 2000, Wolff J.A., Lederberg L, 1994). Желаемый эффект достигается либо в результате экспрессии (работы) интродуцированного (введенного) гена, либо за счет частичного или полного подавления функции поврежденного или сверх-экспрессирующего, то есть работающего с вредной для организма интенсивностью, гена. В последнее время осуществляются также попытки коррекции структуры и функции неправильно функционирующего ("больного") гена. Следует специально подчеркнуть, что генная терапия ставит целью лечение не генов, как это иногда считают.
Идеи о возможности введения в организм генов с лечебной целью были высказаны еще в начале 60-х годов минувшего века, однако реальные попытки такого рода относятся к концу 80-х годов и практически совпадают с развитием работ по тотальному секвенированию генома человека и созданию международной программы "Геном человека".
В 1990 г. была осуществлена попытка лечения тяжелого, обычно несовместимого с жизнью наследственного иммунологического заболевания (иммунодефицита), вызванного дефектом в гене, который кодирует синтез фермента аденозиндезаминазы (ADA). У двух девочек в возрасте до четырех лет, страдавших врожденным дефектом в гене ADA, были взяты клетки костного мозга и перенесены в так называемую культуру, то есть для них были созданы условия роста вне организма. В эти клетки ввели ген ADA. Затем трансфицированные клетки были размножены в культуре, после чего введены больным, от которых они были получены. Авторы сообщили о четко выраженном лечебном эффекте (Culver K.W., Gene Therapy 1996).
Современные исследования в области генной терапии могут быть разделены на ряд относительно независимых этапов: разработка генных конструкций, проведение на экспериментальных животных так называемых предклинических испытаний и, наконец, осуществление прямых попыток лечения отдельных болезней. Шесть престижных международных журналов целиком посвящены проблемам генной терапии. Ежегодно проводятся десятки международных конгрессов и конференций. В то же время реальные успехи генной терапии в лечении конкретных больных достаточно скромны, и генная терапия все еще находится в стадии накопления данных и развития новых технологий.
1.7.2. Условия проведения генной терапии
Необходимым условием генной терапии является введение генных конструкций в клетки. Как правило, в качестве лечебного препарата используется отрезок ДНК, содержащий в своем составе избранный ген. Это может быть просто кусок ДНК, не обработанный никаким специальным образом. Часто его называют "голой ДНК", которую обычно вводят в комплексе с различными липидами, белками и другими носителями, иногда синтетическими. Но чаще всего ДНК помещают в состав специальных генетических конструкций (векторов), созданных на базе разнообразных вирусов человека и животных. С этой целью над молекулой вируса производят генно-инженерные манипуляции, приводящие к удалению из нее части генов, необходимых для размножения вируса. Это, с одной стороны, лишает вирусы их инфекционности и делает их безопасными (или почти безопасными), а с другой, освобождает место для генов, предназначенных для введения в организм. Важно, что вирусные векторы сохраняют свою природную способность легко и быстро распространяться в организме, проникать в клетки и ядра и во многих случаях встраиваться в собственную ДНК клеток.
Векторы создаются на базе различных вирусов. В 40% случаях используются аденовирусы, включая делетированные, в 30% - ретровирусы, в 16% - аденоассоциированные вирусы, в 10% - вирус простого герпеса, в 4% - лентавирусы, вирус папилломы, гибридные вирусные конструкции, в том числе на базе вируса простого герпеса и аденоассоциированного вируса. Вирусы различаются способностью встраиваться или не встраиваться в геном и соответственно длительной или кратковременной экспрессией в клетках, а также специфичностью (тропизмом) к определенным тканям и органам.
Существуют также генные конструкции, рассчитанные на подавление генетической функции (Culver K.W., Gene Therapy 1996, Agrawal S., Kandimalla E.R., 2000). Они обычно нацелены на выключение функции информационной РНК (иРНК), кодирующей белок, синтез которого намечено подавить. Синтезируется комплементарная цепь нуклеотидов, которая, соединившись с иРНК, подавляет ее способность служить в качестве матрицы для синтеза белка. В связи с обратным по отношению к иРНК расположением в ней нуклеотидов такая конструкция носит название антисмысловой РНК (antisence RNA). При своей кажущейся простоте метод имеет много проблем и ограничений: вводимая конструкция должна быть нечувствительной к действию ферментов, расщепляющих нуклеиновую кислоту (нуклеаз), и легко доставляться в необходимом количестве в клетку; образовавшийся с РНК комплекс должен быть стабильным в течение времени, достаточного для реализации лечебного эффекта, и т.д. Часть этих задач решается путем создания "защищенных" аналогов нуклеотидов. Антисмысловые конструкции вводятся в организм либо непосредственно (в виде "голой" нуклеиновой кислоты), либо в составе вирусного вектора.
Критическим условием генной терапии является проникновение лечебного вектора в клетку, в подавляющем большинстве случаев в ее ядро. При этом необходимо, чтобы генная конструкция достигала именно тех клеток, которые нуждаются в коррекции. Поэтому успех генной терапии во многом зависит от выбора оптимального или, по крайней мере, удовлетворительного способа введения генных конструкций в организм.
Проще всего обстоит дело с вирусными векторами, которые, подобно их вирусам-прародителям, распространяются в организме и проникают в клетки. Такие конструкции обычно вводятся внутрисосудисто, внутрибрюшинно, подкожно или внутримышечно. Во многих случаях используются дополнительные способы повышения эффективности трансфекции, основанные на применении липосом, катионных липидов с образованием ДНК-липидных комплексов или комплексов ДНК с поликатионами (например, с полилизином).
Разработаны методы введения в организм генных конструкций, обеспечивающих трансфекцию необходимых клеточных и тканевых элементов. Эти методы в основном используются при работе с невирусными векторами, которые не обладают способностью к самостоятельному распространению в организме и проникновению в трансфицируемые клетки. Однако в некоторых случаях более эффективной оказывается "целевая доставка" генных конструкций, чтобы обеспечить (по крайней мере, до определенной степени) органную и тканевую специфичность генно-терапевтических процедур, снизить общую дозу вводимой чужеродной ДНК, повысить вероятность правильного встраивания в геном (например, при работе с ретровирусными векторами). Среди способов направленного введения генных конструкций выделим следующие.
Прямая инъекция генетического материала - самый простой метод доставки трансгена (введенного гена) в клетки in vivo, при котором ДНК вводится непосредственно в ткань путем инъекции. Область использования данного метода ограничена такими тканями, как кожа, тимус и поперечно-полосатые мышцы, некоторыми, так называемыми солидными (растущими плотным узлом) опухолями, причем достаточно продолжительная (до года) экспрессия трансгена наблюдается преимущественно в мышечной ткани. Эффективность такой трансфекции обычно низкая (менее 1 %), но вполне достаточная, например, для генетической иммунизации.
Баллистическая трансфекция основана на обстреле органов и тканей микрочастицами тяжелых металлов (золото, вольфрам), покрытых плазмидной ДНК (А.В. Зеленин, 2000). Микрочастицы проходят через клеточные слои и переносят генетическую конструкцию непосредственно в ядра клеток. Созданная для этой цели "генная пушка" (gene gun) по своему устройству сходна со стрелковым оружием. Глубина проникновения микрочастиц, как правило, невелика - до 1 мм, поэтому метод используется преимущественно для трансфекции клеток кожи или подлежащего хряща. Однако при особых условиях обстрела микрочастицы могут проникать в ткань на глубину до 4-5 мм и переносить ген в волокна поперечно-полосатых мышц.